Susunan organisasi IKOHI terdiri dari Kongres, Dewan Penasehat, Badan Pekerja, dan organisasi-organisasi atau komunitas di tiap organisasi anggota.

Dewan Penasehat

  1. Paian Siahaan
  2. Usman Hamid
  3. Indri Saptaningrum
  4. Irine H. Gayatri
  5. Dolorosa Sinaga
  6. Utomo Raharjo
  7. Wilson
  8. Ruth Indiah Rahayu

Badan Pekerja

Ketua Umum : Wanmayetty

Sekretaris Umum : Zaenal Muttaqien