Susunan organisasi IKOHI terdiri dari Kongres, Dewan Penasehat, Badan Pekerja, dan organisasi-organisasi atau komunitas di tiap organisasi anggota.
Dewan Penasehat
- Paian Siahaan
- Usman Hamid
- Indri Saptaningrum
- Irine H. Gayatri
- Dolorosa Sinaga
- Utomo Raharjo
- Wilson
- Ruth Indiah Rahayu
Badan Pekerja
Ketua Umum : Wanmayetty
Sekretaris Umum : Zaenal Muttaqien